遗传因素是蛋壳呈现什么颜色的根本原因。此外还有许多因素，虽然不能改变颜色，但对颜色的深浅有一定影响。在这些因素中，影响最大的是母鸡的年龄。

　　产蛋初期的母鸡容易产出双黄蛋，个头也会更大，但如果初产的是正常鸡蛋，那么通常蛋的个头会比较小，然后随着鸡龄的增加再逐渐变大。不过，即便鸡蛋的体积随后变大了，但母鸡沉积到鸡蛋上的碳酸钙和色素却不会相应地增加。鸡蛋更大意味着表面积更大，由于形成蛋壳的原料没有相应增加，就只能靠降低蛋壳厚度来应付；沉积到蛋壳上的色素也没有相应增加，也就只能降低色素密度——产蛋后期的大个鸡蛋颜色要浅一些。

　　另外，近年来有研究发现，同样品种的母鸡在散养条件下的蛋壳颜色要比笼养的浅一些，而在饲料中添加益生菌等会提高“红壳”的品质；母鸡如果在合成或分泌色素的时候受到惊吓或者扰动，会发生色素分泌异常或不足的现象，从而使得蛋壳颜色变浅；疾病以及某些药物，也会对蛋壳颜色的深浅有所影响。